这部剧原本的名字是《大明王朝1566，嘉靖与海瑞》，书的开头说到嘉靖三十九年整个腊月，到四十年正月十五都不下雪。
然后说到“太极”，太极先是生太阴，这个太阴就是嘉靖，由于只有太阴在发动，所以开始时的局面乱成一团，接着阴极阳生，太阳出来了，海瑞就是太阳。
嘉靖、海瑞这两个人是故事的发动机，周围所有的人都是八卦，都围绕阴阳两极，也就是这两个人旋转。
当年浙江案，嘉靖卜的一“乾卦”，他感觉海瑞“乾下”和自己这个“乾上”总有一天相遇。
贺表引发的大案
嘉靖移居新宫，群臣上贺表，只有海瑞的贺表在最后一刻才送到。
皇帝翻看户部主事海瑞的《治安疏》，上面的那些工楷，一笔一画已经不是文字，像锥子从他的眼中，直刺他的五脏六腑。
嘉靖一下子就陷入了癫狂，“反了！”嘉靖终于发出了一声尖叫。
他陷入了深深地怀疑，立刻联想到海瑞背后的清流、裕王要逼宫。
嘉靖下令让赵贞吉、三法司、内阁、督察院会同审理。
海瑞面对百官，一点没有畏惧，他们无法反驳海瑞的观点。
于是要面子的嘉靖，派司礼监首席秉笔史公公，去牢中劝解海瑞。
满朝官员的驳斥都对付不了海瑞，而如果二次堂审，仍然被海瑞驳斥了回去，就坐实了《治安疏》的话了。
嘉靖也要面子，想通过威逼和利诱，让海瑞改口。
史公公开始劝说海瑞改变自己的想法，海瑞没有答话。
接着史公公开始以情动人，想抓住海瑞的软肋。还开出条件诱惑海瑞，放弃原来的想法。
一个无欲无求的人，是没有软肋的。
对海瑞威逼利诱失败了，嘉靖知道自己避无可避，他只能自己出来直接和海瑞辩论。
嘉靖海瑞的对话
嘉靖25年不上朝，海瑞不认识皇上。
嘉靖第一个问题，是关于汉文帝。
嘉靖看着奏本：“文帝之贤，文景之治，..........借攻讦汉文帝以攻讦当今皇上。如此贤明之君尚且如此攻击，你心目中的贤明之君是谁？”
海瑞：“尧、舜、禹、汤！”
嘉靖的逻辑，如果海瑞认为文帝是三代以下首推的贤君，那为什么又在《治安疏》里面又指责文帝，是不是影射当今皇上。
海瑞：“我的奏疏他们没有看懂，也看不懂，不值一驳。”
嘉靖：“好大的学问。你必须回驳。”
海瑞提高了声调，“汉文帝不尊孔孟崇尚黄老之道，无为而治，因此有优游退逊之短，怠废政务之弊。............二十余年不上朝美其名曰无为而治，修道设醮行其实大兴土木，设百官如家奴，视国库如私产，..............，民生困苦。如要直言，以文帝之贤犹有废政之弊，何况当今皇上不如汉文帝远甚！”
海瑞在《治安疏》中，先肯定了嘉靖的早期作为，堪比唐宗宋祖等先贤。
纵观嘉靖作为人的一生，无法说他是冷漠无情的怪人，也不能说他是昏庸无德的帝王。
如果嘉靖死在他在位二十年的时候，历史评价会比现在高上不少。
嘉靖二十一年，这一年发生了两件事情：一件是「壬寅宫变」，还有一件事就是严嵩入阁。这一年，成为嘉靖朝的转折点。
嘉靖有政治才能，但他并没有政治理想，身居高位注定了被权力诱惑的命运。
海瑞依然大声说道：“大明朝设官吏数万，竟无一人敢对皇上言之，唯我海瑞为皇上言之.......他们不言，我独言之，何为影射”？
海瑞除了痛骂嘉靖，还痛骂了百官。
嘉靖听了两眼虚了，良久从腹腔里发出了幽深的声音：“照你所言，我大明君是昏君，臣皆佞臣，独你一人是忠臣贤臣良臣？”
他毕竟是政治斗争多年的嘉靖帝，很快就稳定住了情绪，内容无法驳斥，那就从动机和立场上进行批驳。
海瑞：“我只是直臣。”
嘉靖：“无父无君的直臣！”
海瑞：“家母便谆谆诲之，尔虽无父，既食君禄，君即尔父”。
“其实岂止我海瑞视皇上若父，天下苍生谁不视皇上若父？........皇上深居西苑一意玄修，几时察民生之疾苦，几时想过我大明朝数千万百姓虽有君而无父，虽有官而如盗！两京一十三省皆是饥寒待毙之婴儿，刀俎待割之鱼肉，君父知否？”海瑞想的不只是他一人“视君如父”，而是天下百姓均“视君如父”。
在海瑞思想逐渐成型的少年、青年时期，嘉靖的作为可称得上是「明君」。可待到他进入官场，见到官场阿谀成风，百官贪肆或明哲保身，而君父一人独治一意玄修。
这让海瑞思考，国家的病根不在严嵩，而在君父。
这番话海瑞说得心血潮涌，声若洪钟，将一座镇抚司诏狱震得嗡嗡直响！
但见那人的脸一下子白得像纸，牙关紧闭，坐在凳子上一副要倒下去的样子，偏用手抓紧。
嘉靖无话可驳，无法可驳。第一次读《治安疏》时候的那种被戳穿的愤怒和恐惧又一次用了上来，他眼睛慢慢失焦，要倒下来。
海瑞发现那人的脸由白渐渐转红，又看见他的鼻孔里慢慢流下了鲜血，紧接着嘴角边也流出了一缕鲜血。
尾声
此时嘉靖心中的雷炸了，他再也无法欺骗自己，被人一字一句的说出来“天下之人不值陛下久矣”！
嘉靖嘴上说着心中装着九州万方，其实心里只住着他一个人。他怀抱着由世俗堆砌而成的神仙梦，最后被海刚峰所戳破。
海瑞的话，刀刀见血，直戳要害，嘉靖被击败了。
嘉靖并未选择人性的光辉，而是慢慢滑向了人性深渊，那里冰冷、黑暗；
海瑞选择了人性光辉，这些人性光辉赋予他神性，也会让他承担相应的代价。
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