澳大利亚获取核潜艇的目的本是冲着中国来的，但此举却得罪了不少其他国家，在欧洲之外，澳大利亚把东南亚国家也给得罪了。据观察者网9月19日援引澳大利亚《悉尼先驱者报》消息报道，澳大利亚总理莫里森原本计划对印度尼西亚进行访问，但此行程已被取消。而在澳大利亚方面制定了核潜艇计划之后，莫里森专门向印尼总统佐科·维多多致电通报，但印尼方面的态度很坚定，那就是对澳大利亚决定表示“严重担忧”。印尼外交部也强调，对于持续性军备竞赛和地区力量投射，感到严重担忧。
印尼会对澳大利亚的核潜艇计划感到不满，这背后的根源是印（印尼）澳两国之间本就不怎么融洽的关系。印尼和澳大利亚互为最大的邻国，原本双方关系都是两边最重视外交关系，但双方因多个现实利益冲突问题而产生较大的矛盾。首先，地缘上看，印尼是澳大利亚接近亚洲大陆的一个跳板，堪称澳大利亚和亚洲大陆接轨的一个纽带，二战期间日本就是通过控制东南亚的印尼，对澳大利亚构筑了实质性的威胁。虽然日本未能依托印尼为跳板入侵澳大利亚，但澳大利亚始终清楚印尼的安全重要性。因此，澳大利亚不断对印尼局势保持高度关注，并施加影响力引导印尼周边局势的发展，试图控制印尼政局。
早在冷战期间，印尼就和澳大利亚出现了领土纠纷摩擦，澳大利亚为了获取一个安全屏障，夺下所谓的“印尼进攻澳洲的跳板”，反对把西伊里安地区的新几内亚主权交还印尼。尽管如此，印尼还是在苏联的支持下，成功地获得了新几内亚，但双方已经埋下了不和的种子。随后，印尼和澳大利亚的关系几度波折，先是澳大利亚介入印尼和马来西亚争端，后是印尼合并东帝汶，直到现在东帝汶问题仍然是澳洲和印尼的焦点。目前，澳大利亚的态度仍然是积极支持东帝汶独立，此举直接威胁到印尼的国家安全和领土完整。所以，双方在地缘和现实方面的利益冲突几乎不可调和，印尼直接将澳大利亚视为最主要的安全威胁，澳大利亚同样把印尼视作对手。有人说，澳大利亚只有把印尼肢解了才会觉得安全，此话虽然夸张，但部分反映了澳大利亚的心态。
除去领土纠纷之外，印尼和澳洲的矛盾不仅于此。两个国家分别是伊斯兰教主导地位和基督教主导地位，宗教差异带来的敌视始终存在。两国也都是依赖矿产资源出口来发展经济，且二者出口的部分产品存在重合，例如澳大利亚和印尼都出口煤炭和天然气，前者煤炭储量达1474.35亿吨，天然气储量达13600亿立方米，后者的这两个数字分别是580亿吨和123589兆亿立方米，双方的资源储备直接令彼此成为资源出口竞争对手。可以说，在政治、经济和地缘战略方面，印尼和澳大利亚都有严重的分歧，从而始终难以彻底解除对立。虽然双方迫于实力不足，以及恢复经济发展方面的需要缓和了彼此的冲突，但问题只是缓和，根本没有解决，一旦双方中哪一边决定性地增强军力，立刻就会引发对面的怀疑，从而让彼此的关系再度恶化。现在澳大利亚方面进一步靠拢美国，并发展核潜艇这种攻势性武器，必然会引发印尼方面的忧虑，印尼官方所说的感到担忧已经是客气说法了。
在澳大利亚这一番操作之后，印尼将对澳大利亚有更多的警惕情绪，连带着会对美澳英这个小团体产生更多的不满情绪。在这样的背景下，印尼有可能成为中国应对美英澳小团体的一个新伙伴。印尼近年来不断修补和中国的关系，双方之间的合作逐渐加深，在地区问题上的矛盾也逐渐缓和，彼此的外交趋势是总体向好的。而在澳大利亚重新武装自己的情况下，印尼也很可能需要加强自己的军事能力，在此情况下，中国会是非常好的合作伙伴。虽然不至于向印尼出售核潜艇，但出售部分常规潜艇、护卫舰甚至战斗机，都是中国方面可能的选项。对于美澳来说，这一次武装澳大利亚带来的侧面效果之一，就是更多地激怒了印尼，这会把这个东南亚重要的国家推向中国，这方面的影响是不可忽视的。
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