在我国行政事业体系，基本的组织原则是党领导一切。也就是说，无论是行政机关还是事业单位，都是党委领导下的行政负责制管理模式。
以政府职能部门为例，现在很少党政分设领导，绝大多数是党政一肩挑，可一旦因工作需要分设了党组（党委）书记或行政主官，那么根据组织管理原则，两个领导各司其职，行政主官负责行政事务管理，党组（党委）领导服务党务人事工作，介于两者之间或工作有交集的，协商处理，其余三重一大事项基本上采用民主集中制方式，即通过党组会或班子会解决。明面上看两个人是“平等”的，实际上由于政府职能部门一般以行政事务为主体，行政主官在权重上多半会有隐隐压党组（党委）书记一头的现象，地位更突出，被视为当然的“一把手”。很多党组（党委）书记都想谋行政主官的位子，意图一肩挑，多少也可以看出两者地位的高下。
当然，党组（党委）书记毕竟掌握着党组会或党委会的召集权，单位的重大事项、重要决策一般都要求过党组会或党委会，而且党组书记或党委书记还掌握着人事权，如果党组书记或党委书记对行政主官的某项工作持反对意见或不认可，行政主官想推的事情大概率会执行不下去。因此尽管现实中政府职能部门的行政主官地位要突出于党组（党委）书记，但在工作中行政主官一般都会给予党组（党委）书记足够的尊重，很多事情都要买党组（党委书记）几分面子，党组（党委）书记的实际权力也不容小觑。
类似的情况在事业单位也是如此。
举两个例子。
比如高校。高校党委书记和校长都是学校的一把手，校长负责校务，书记负责党务，日常工作由校长主抓，校长负责，因此抛头露面的一般都是校长，对学校的实际管理权限校长一般也多于书记，校长对外俨然是“一把手”。可你能说校长比书记牛逼吗？显然不能。学校的三重一大事项最终还是要由校党委常委会决定，而书记是校党委的实际负责人，因此很多事情校长也要听书记的。
小公所在单位下属好几个事业单位也分设了书记和行政主官，情况和高校差不多一致。管事的都是行政主官，大事小事基本上由行政主官说了算，书记负责抓党务、补台、补会，行政主官更像一把手，因此几个书记都争着抢着想转行政主官或兼任，由此可见行政主官和书记的地位差距。
当然不同地区存在地区差异，很多事情也不能一概而论。不过在机关事业职能部门中，多数还是行政主官更有地位，权重更突出，更像一把手，党组（党委）书记权力局限一块，权力不如行政主官实，这是党组（党委）书记在职能部门中比较吃亏的地方。当然碰到强势的党组（党委）书记，也不遑多让行政主官。
但在地方党政系统，又是另外一番景象，党委书记和行政主官虽然级别一样，职责对等，但党委书记绝对是地方说一不二的一把手，行政主官更多要配合党委书记工作，依据党委决策作出工作部署和安排，实际上扮演着二把手的角色。这是地方与职能部门党政主官最大的区别之处。
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