古波斯第一个辉煌的帝国是“居鲁士”在公元前550 年所建立的Achaemenid帝国。居鲁士是一位贤能的帝王，他是少数被犹太各族共尊为“弥赛亚”的个人。他的儿子及第三代的继任者“大流士”也都很能干。所以Achaemenid帝国在他们三位的领导之下，在公元前500左右成为西方世界最强大的国家。而当时希腊比起波斯来，要渺小多了。
其实在公元前500年左右，波斯帝国的势力、只扩张到土耳其半岛的爱琴海岸，尚未深入爱琴海。但是土耳其半岛靠爱琴海的沿岸，有不少希腊裔的殖民城邦，其中有一些不满波斯帝国的统治而抗争频仍，这些殖民城邦也很自然地会请求家乡的城邦给予援助。雅典和其他几个希腊城邦就曾经提供援助，因而成为波斯帝国的眼中钉，也给了大流士征服希腊的决心和借口。
在公元前492年，大流士派遣了一支军队，先平定了土耳其半岛的爱琴海沿岸地区、及希腊北方靠近欧亚陆桥的地区。最终并未能完成征服爱琴海地区的任务，不过已经明显宣示了波斯帝国欲染指希腊地区的意向。大流士并且利用这次的军威，在公元前491年遣使至希腊各个城邦，要求象征性的顺服。大多数的希腊城邦都屈从，但是雅典却将来使公开审判并处死，而斯巴达则索性将来使丢到井里去。
公元前490年，斯巴达发生内乱，无暇外顾，因此雅典势孤力单。大流士就趁此机会，派遣了另外一支军队，来征服希腊。古代对这支军队的大小的几种记载，彼此之间有很大的差异，大多数的现代学者，相信大约是600艘战船，和两、三万名陆军。
这支波斯军队，由土耳其半岛的南海岸进入爱琴海，一路依序在Rhodes Island、Naxos Island、和Delos Island等岛屿停留和用兵，才渡完爱琴海、抵达希腊半岛距离雅典不远的地区。
到达希腊半岛地区之后，波斯军队先攻占在雅典之东的Karystos，然后北上消灭波斯人心目中雅典的主要帮凶：Eretria城邦，然后才南下对付雅典。波斯军队选择在雅典东方大约40公里处的马拉松平原登陆。雅典也组成一支大约一万人的陆军，前来围堵。双方在马拉松布阵对峙了五天，终于开始鏊战。
先是波斯军队的中锋、将雅典军队的中锋击退（也可能是希腊方面佯败），后来雅典军队的左、右翼，却将波斯军队夹在中间。一阵厮杀之后，波斯军队溃败而撤至船上，扬帆而去。可是后来希腊人发现：波斯船队在航至Cape Sounio之后，忽然转向雅典，想利用雅典防务空虚之际，进行突击。于是雅典将领命令其一万名战士之中的大部分，急行军四十多公里回防雅典，终于抢在波斯船队之前回到雅典。波斯船队见无机可乘，只好悻悻然离去。波斯帝国的第一次远征希腊，便至此徒劳而返。
马拉松之役虽然不是一场大型的战役，却有深远的影响：一方面波斯帝国急速扩张的气势，在西面暂时地受阻。更重要的是，马拉松之役大幅度地提升了希腊各城邦对抗波斯帝国的意愿与士气；波斯军队所向无敌的神话，已经被打破了。
十年之后，波斯出动其真正的主要军力来征服希腊，可是所面对的希腊诸城邦，已经不再对波斯军队闻风丧胆了。
马拉松战役中，雅典人取得了以少胜多，以弱胜强的战绩，终于打败了敌人，取得了鼓舞全希腊人的胜利，是整个希腊第一次靠自己的力量击退波斯的一场会战。马拉松战役后，希腊各城市国家进一步加强了团结，结成了三十个国家的同盟，并由斯巴达领导，加强了反对波斯帝国的力量。希腊各城邦的实力也进一步增强。同样重要的是，当时雅典从希腊传统的一人专政、或贵族专政、改行民主政治才十多年，整个希腊世界，还在观望其成败。马拉松之役的胜利，无疑地为民主政治投下了重要的信任票，让民主政治在雅典得以持续发展。
擅于长跑的费里皮德斯奉命返回雅典报捷，他一口气跑了42千米，抵城时只喊了一声："我们胜利了！雅典得救了！"便力竭倒地而死。后人为纪念马拉松战役和费里皮德斯的壮举，设立了马拉松长跑这一运动项目。
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