吴焕文教授：2019版BRCA1/2基因检测指南权威解读|brca1|乳腺癌|吴焕文|基因检测|肿瘤

基于下一代测序技术的BRCA1/2基因检测指南（2019版）深度解读。

乳腺癌易感基因 ( BRCA1/2 )是重要的抑癌基因，包括 BRCA1 和 BRCA2 ， BRCA1/2 基因检测有着重要的临床意义，有助于评估乳腺癌、卵巢癌、胰腺癌、前列腺癌等相关肿瘤的发病风险，并可协助制定精准诊疗方案。

为完善基于下一代测序（next generation sequencing，NGS）技术的 BRCA1/2 基因检测的方法学标准，在2018年发表的《基于下一代测序技术的 BRCA 基因检测流程中国专家共识》的基础上，国内分子病理及临床专家补充了相关领域更新，结合国内检测现状制定并发布了《基于下一代测序技术的 BRCA1/2 基因检测指南（2019版）》。

在此，“医学界”有幸邀请到来自北京协和医院病理科的吴焕文教授，结合2019版的最新指南对 BRCA1/2 基因检测的临床意义、适用人群及检测流程等进行了总结和梳理，旨在进一步指导和规范 BRCA1/2 基因检测的临床应用，优化患者的个体化诊疗实践。

一

BRCA1/2基因检测的意义

BRCA1/2基因检测可评估个体肿瘤发病风险。BRCA1/2基因突变可使女性发生乳腺癌风险提高5倍，发生卵巢癌风险提高10~30倍。一项研究显示，美国普通女性至70岁时死于这两种癌症的概率为11%，但BRCA1/2基因突变携带者死于这两种肿瘤的概率高达56%~77%。因此，携带BRCA基因致病突变不仅增加了女性罹患乳腺癌和卵巢癌的风险，并且极大地提高了女性死于这两种癌症的概率。此外，BRCA1/2基因突变还会显著增加前列腺癌、胰腺癌、男性乳腺癌、黑色素瘤等的发病风险。

另外，BRCA1/2基因检测可以指导患者的靶向治疗。PARP抑制剂（PARPi）的研发及上市为部分乳腺癌和卵巢癌等患者带来了生存的改善， PARPi如Olaparib 、Rucaparib 等药物的应用很多时候都需要行BRCA1/2基因检测明确BRCA1/2基因突变状态来指导进一步治疗。

而且，BRCA1/2基因突变状态还与卵巢癌患者预后有关。多项研究证实，携带BRCA1/2基因突变的卵巢癌患者相比于BRCA1/2基因野生型的患者预后更好，无进展生存期（PFS）和总生存期（OS）更长。

因此，BRCA1/2基因检测具有十分重要的临床意义，主要概括为以下两个方面：

有助于评估相关肿瘤的遗传易感性、制定相应的遗传管理措施（包括采取预防性手术、制定定期筛查方案、家属遗传风险评估等）；

协助制定精准诊疗方案以及判断肿瘤患者的预后。

二

BRCA1/2基因检测的适用人群

目前，对于个体遗传风险评估和指导肿瘤患者精准治疗方面，一系列权威的指南及共识对BRCA1/2基因检测的适用人群进行了探讨及分类。结合这些权威共识和指南，吴焕文教授指出《基于下一代测序技术的BRCA1/2基因检测指南（2019版）》指南建议如下：

（1）为评估遗传风险，建议对相关高风险人群进行遗传咨询及胚系BRCA1/2基因检测（II级推荐），主要包括以下人群：

①来自于BRCA1/2基因致病/可能致病突变家系中的个体；

②肿瘤检测发现BRCA1/2基因致病/可能致病突变但是不能明确是否为胚系突变患者；

③所有新确诊的卵巢癌、输卵管癌及原发性腹膜癌患者；

④发病年龄在40岁及以下的乳腺癌患者，发病年龄在60岁及以下的三阴性乳腺癌患者，所有男性乳腺癌患者；

⑤所有新确诊的胰腺癌患者；

⑥高风险及以上、N1及M1前列腺癌患者，前列腺导管内癌患者；

⑦满足一定家族史条件的乳腺癌及前列腺癌患者；

⑧有1个或以上1级或2级血亲满足上述检测标准的个体等；

（2）为指导治疗方案的选择，该指南建议：

①所有新确诊的卵巢癌、输卵管癌及原发性腹膜癌患者进行胚系和/或体细胞BRCA1/2基因检测，复发后考虑使用新近获取的肿瘤组织进行BRCA1/2 基因检测（I级推荐）；

②HER2阴性晚期乳腺癌患者在考虑化疗时进行胚系BRCA1/2 基因检测（ I级推荐）；

③局部晚期及转移性胰腺癌患者在确诊时进行胚系和/或体细胞BRCA1/2 基因检测（ I级推荐）；

④所有转移性去势抵抗性前列腺患者进行至少包含BRCA1/2 等DNA损伤反应基因的胚系及体细胞变异的检测（ II级推荐）；

当然，随着临床及基础研究的不断进展，BRCA1/2检测的适用人群还会不断更新和拓展。

三

基于NGS技术的BRCA1/2基因检测流程

NGS技术检测BRCA1/2基因的主要流程包括样本获取及处理、核酸抽提及质控、文库构建及质控、测序及质控、数据分析及变异解读等（图1）。

图1 基于NGS技术的BRCA1/2基因检测流程

样本的获取及处理

对于BRCA1/2基因检测所用不同样本的保存方法及处理要求，吴焕文教授在此次报告中做了详细的介绍，如下图所示（表1）。

表1 BRCA1/2基因检测不同样本的保存方法及处理要求

核酸抽提及质控

原则上要优先采用由国家药品监督管理局（NMPA）批准上市的试剂盒进行基因组DNA提取，DNA的质量和浓度对检测结果的准确性有重要影响，所以对DNA的质量控制环节不容忽视，需要从DNA纯度、浓度以及片段化程度进行充分评估。

文库制备及质控

目前主要有两种建库方法——基于扩增子方法的文库构建和基于杂交捕获方法的文库构建。选择合适的文库制备试剂盒，需考虑适用样本、DNA起始量、基因板（gene panel）数据量等因素。另外，检测区域需至少包括BRCA1/2基因整个外显子编码区及外显子与内含子交界区（+/-20个碱基对）。为使测序质量和产量达到最优，需要从DNA浓度及片段大小等方面对文库制备过程进行质控，文库定量一般采用Qubit，也可采用荧光定量PCR方法，对片段大小进行分析可采用Bioanalyzer 2100等。确定文库可用后即可进行后续的上机测序。

NGS测序及质控

构建好的文库将在高通量的测序仪上进行上机测序，测序完成后需要对原始数据进行质控，质控合格后再进行后续的生物信息分析。

数据分析及变异解读

在获得原始测序数据并进行质控后，常规的分析流程主要包括数据比对、变异识别、变异注释等。

变异解读是BRCA1/2基因检测结果分析中的关键步骤，为临床报告提供重要参考依据。

建议参考国际癌症研究机构(IARC)分类，根据变异的致病性可分为五类：5类-致病性，4类-可能致病性，3 类-意义未明，2 类-可能良性，1类-良性；数据解读的标准和规范以及数据解读和注释流程可参考《美国医学遗传学与基因组学学会(ACMG)和美国分子病理学会(AMP)序列变异解读标准和指南(2015版)》和《 BRCA1/2数据解读中国专家共识》。BRCA1/2基因检测报告可参考《BRCA1/2数据解读中国专家共识》。

为了保证检测结果的准确性，在临床应用前需要对整个实验流程进行进一步验证，主要包括优化实验条件与分析参数、建立整个实验流程的操作规范、制定性能规范和质控程序、评估NGS与其他检测方法检测结果的一致性以及使用数量和类型合适的样本进行性能验证或确认等。

当然，完整的BRCA1/2基因检测，除了对点突变和小片段插入缺失的检测，还应包括LGR（大片段重排）的检测。MLPA是目前应用最广泛的LGR检测方法。如NGS方法没有针对LGR进行充分的性能验证/确认，在未检测到致病点突变或小片段插入缺失时，推荐继续进行LGR的MLPA检测（尤其是有相关肿瘤家族史的人群）。

遗传性/家族性高风险的BRCA1/2基因检测及肿瘤患者BRCA1/2基因检测的临床路径汇总如下（图2-3）：

图2 遗传性/家族性高风险的BRCA1/2基因检测临床路径

图3 肿瘤患者BRCA1/2基因检测临床路径

四

BRCA1/2基因检测实验室及人员资质

在此次报告中，吴焕文教授也强调了BRCA1/2基因检测实验室及相关人员必须具备的条件及要求。

对于BRCA1/2基因检测实验室必须通过相关机构认证，有规范的实验室标准化操作流程（SOP），建立严格的质量控制体系，定期参加国际和国内相关室间质评（EQA）项目对其检测能力进行评估。由于BRCA1/2基因突变类型多样且无热点突变，建议EQA项目针对不同类型的突变（如SNV、Indel、LGR等）进行全面评估。

BRCA1/2基因检测涉及的人员包括检测人员、生物信息分析人员及变异解读人员，相关的人员必须接受过技术检测、生物信息分析或变异解读相关的专业培训，并获得相应的资格证书。

最后，吴焕文教授对本次报告内容做了分析和总结：