作为革命元老，蔡元培出任民国第一任教育总长。但窃国大盗袁世凯，一心想当皇帝，蔡元培抱负难伸，于是他辞了官，又一次去欧洲游学。当袁世凯死后，新任总统黎元洪任命蔡元培为北京大学校长。这时，蔡元培在欧洲考察学习已四年，是个50岁的老留学生了。
那时的北大，其实就是一个官僚养成所。
1916年12月26日，蔡元培到北京接到任命的当天，没有去北京大学，而是到一个旅舍拜访了一个人，这个人就是陈独秀。
蔡元培1868年1月生于浙江绍兴，父亲是钱庄的掌柜，去世很早，于是家道中落，变得贫穷起来，在亲戚的帮助下，蔡元培接受了严格而完整的旧式教育，26岁考中进士，两年后，称为翰林院编修，这是封建时代读书人的最高学历。
1894年的甲午战争，使中国的读书人，前所未有的认识到亡国的危险。随后的变法维新的失败，又是对读书人的重重一击。
有一条他不赞成康有为他们，他认为康有为他们，没有训练人才，结果就匆匆忙忙地改革，结果失败。
戊戌维新失败后的一个月，蔡元培离开满清王朝的翰林院，回到绍兴。他以一介布衣，来实践教书育人、启发民智的理想。
光复会的主要领袖是蔡元培和章太炎。
同时，他游学欧洲，对西方的思想，广泛涉猎，深入研究。
蔡元培任北大校长后，他做的第一件事是，请陈独秀为文科学长。
大学离不开学术，但在中国近现代教育史上，第一个提出学术独立和学术本位的是蔡元培，他的主张精练为16个字：囊括大典，网罗众家，思想自由，兼容并包。
让老师有自由研究的空间，让学生有自由选择的权利。激发了学生们崇尚和研究学问的兴趣。
有助于学生在比较中吸收，而不是只听一个先生的话。
在北大，辜鸿铭被称为怪人，有学生对聘请他到北大任教不理解，蔡元培开导说，“我希望你们学辜先生的英文，并不要你们也去拥护复辟”，辜鸿铭上讲台演讲，穿戴的是马褂和瓜皮小帽，背后拖了一根细小焦黄的辫子，这身奇怪装束引来哄堂大笑，然而，辜鸿铭不紧不慢地说，“你们不要笑我这小小的尾巴，我留下这并不重要，剪下它极其容易，至于你们精神上的那根辫子，依我看，想去掉并不容易”
教授治校评议制度，究其实质，就是民主办校，这在一个封建根基很深的国家里，实属难得。
1907年，德国柏林迎接了一位41岁的中国留学生，就是蔡元培。因为担心学校不收40岁以上的学生，他把注册年龄改写成35岁。
他毅然投身教育，培养能改变中国的人。
教育救国，有的人有实践，有的人有理念，有的人有实践，有理论，还有制度建设，那就是蔡先生。
留法勤工俭学的倡导者和推动者，就是蔡元培。
蔡元培曾5次出国，前后历时12年。
“美育”，是蔡元培从德育翻译过来的。
他亲手创办了国立音乐学院和国立美术学院。
蔡元培的女儿：他是一个慈父，良师益友，从来没有疾言厉色的这种情况。
北大开了国立大学男女同校的先河。
蔡元培实际执掌北大只有5年半，却多次辞职，这从另一个侧面可以说明他改造北大的艰难。富贵不能淫，贫贱不能移，威武不能屈，他说，这就是“自由”的意义。后来有人形象地说，即使打破了头，蔡元培也要保持灵魂的自由。
他主张，教育要覆盖更多的人，学校应该向社会敞开。
北大有一条不成文的规定，允许校外旁听生自由出入，自由选课。
蔡元培对学生说：爱国不忘读书，读书不忘爱国。蔡元培还强调：学术救国。
蔡元培一生办学，为国家种下读书、爱国和革命的种子。中国知识分子从庙堂走向民间，从官场走向学术殿堂，也正是从蔡元培踏进北大这一天开始的。
没有学术，这个国家就失去一个根本。
蔡元培一生颠沛流离，直到晚年，也没有一处属于自己的房宅。1936年，在他七十岁生日的时候，当年北京大学的数百位学生，决定合赠一所住房给他作为寿礼，但不久，抗日战争全面爆发，上海沦陷，蔡元培流亡香港，学生们的心愿，终没能实现。
1940年3月5日，蔡元培在香港病逝。毛泽东的唁电电文道：“学界泰斗，人世楷模”。
临终前，蔡元培反复念叨的是“科学救国，美育救国”这八个字。
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