1894年11月，甲午战争爆发后，日军迅速占领了旅顺（现今的大连市旅顺口区）。
在独眼将军、日军第2军第1师团山地元治师团长的指挥下，伊瀬知好成联队长率领的步兵第2联队，连同河野通好联队长率领的步兵第15联队等部队，在旅顺进行了长达六天的大屠杀。
在这场浩劫中，日军不分老弱妇孺，对城内居民进行了无差别的屠杀。据史料记载，这次大屠杀中，仅有36人因负责埋尸而幸免于难，而城内的其余2万多居民，无一幸免，全部被日军残忍杀害。遇难者全体葬于白玉山东麓的“万忠墓”。
当时正在中国游历的英国人艾伦，在日记中写道：“我在一处高地，离我不远的地方有一个池塘，池塘边聚集了大量日本士兵，他们将一群难民无情地赶往池塘中。很快，池塘就被难民填满，人们在水里慌乱地挣扎。日本士兵们则显得异常残忍和冷酷，有的持枪射击，有的用刺刀刺向难民。池塘里惨状令人触目惊心，断头的、斩腰的、穿胸的、破腹的，各种惨状交织在一起，池水被鲜血染得通红。而日本士兵们却在一旁狂笑和欢呼，仿佛这是一场游戏。池塘里有少数还活着的人，在死尸上爬来爬去，满身都是血污。其中一个抱着小孩的女人浮出水面，朝日本兵发出凄婉的哀求，希望他们能放过她和孩子。然而，日本士兵却毫不留情地用刺刀捅死了她，随后又将她的孩子挑在刺刀上玩耍，最后残忍地将孩子斩成数段。
日本随军记者甲秀辅后来回忆道：“旅顺的街头，尸体遍地，惨状令人不忍目睹。有的死者身首异处，有的脑袋被残忍地砍去一半，有的脑浆四溢，有的肠肚裸露在外，有的眼球迸出，还有的缺胳膊少腿，倒毙在血泊之中。这些景象，让人毛骨悚然”
当时负责清理抬尸的幸存者鲍绍武，曾回忆：“那段时间，我每天都被眼前的凄惨景象深深震惊。旅顺的街道上铺满了碎石，因为正值寒冬，尸体和血水都已经冻结成冰。甚至还有不少野狗在啃食那些刚死不久的尸体。整个场景如同人间炼狱。”
1894年11月29日，美国的《世界报》刊登报道：“日本军在旅顺不分老幼全都枪杀，三天期间，掠夺与屠杀达到了极点。日本为蒙文明皮肤，具野蛮筋骨之怪兽。”
两年后，1896年，清政府重新接管旅顺，直隶知州顾元勋坚定地要求揭露这一真相，在遇难百姓埋骨地竖起“万忠墓”碑，此碑上刻有碑文：“光绪甲午十月，日本败盟，旅顺不守，官兵商民男妇被难者计一万八百余名，忠骸火化，骨灰丛葬于此。”
日俄战争后，日军再次占领旅顺。他们将“万忠墓”碑偷偷搬走，并砌入了军部医院的高墙之中，试图掩盖这段血腥的历史。直到抗战胜利后，这块被日军藏匿多年的碑石才重见天日，再次展现在世人面前。
参与旅顺大屠杀的日军第2军第1师团，在中国犯下的罪行罄竹难书。
1904年，日俄战争期间，第1师团参与了侵略中国东北，参加了辽阳战役和奉天会战。
1915年，该师团又参与了对德国在青岛的殖民地的占领。
到了1937年至1945年的抗战期间，第1师团更是在中国战场上肆意妄为，参与了多场重要战役，淞沪会战、南京战役（曾参与南京大屠杀）、武汉会战、广州战役、桂南战役、湘桂会战等等。
二战结束后，第1师团师团长山地元治于1945年9月被美军逮捕，并因战争罪行受到审讯。他被指控在中国和东南亚的多个战役中指挥并参与了杀害战俘和平民。在审判中，山地元治坚称自己对这些暴行毫不知情，但最终还是被判死罪。
1948年4月21日，山地元治在日本东京的巢鸭监狱被执行绞刑。
日本投降后，第1师团在1945年9月被解散。然而，1950年，随着日本自卫队的建立，第1师团作为陆上自卫队的一个师团级单位被重新组建。
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