由于海关总署设有正厅局级的海关缉私局（属于公安部门的一种）、还有中国民用航空局也设有副厅局级的公安局，所以这就导致许多人对于国家铁路局和铁路公安局的关系产生了误解。例如，有相当一部分人认为：铁路公安局也是国家铁路局的一个内设机构；还有一部分人认为：国家铁路局是铁路公安局的上级，前者可以领导指挥后者的相关工作。但实际上，持这两点观念的人都陷入了误区，除了名字上都带有“铁路”二字颇具迷惑性外，国家铁路局和铁路公安局其实是八竿子都打不着的两个独立部门，彼此不是上下级也没有隶属关系。
首先，我们要明白，国家铁路局是交通运输部管理的一个副部级国家局，于2014年1月6日正式揭牌，其前身曾是原铁道部的一部分。2013年3月，根据当时的国务院机构改革和职能转变方案，铁路系统要严格落实“政企分开”原则，其中原属铁道部负责的拟订铁路发展规划和政策的行政职责划入了交通运输部，交通运输部由此组建了国家铁路局作为铁路行业的政府主管部门，同时令其承担起铁路行业的相关行政监管职责。而铁道部的企业职责则是由中国铁路总公司（即现在的中国国家铁路集团有限公司）负责。
国家铁路局作为铁路行业的政府主管部门，它的主要职责和监管对象都是围绕“铁路”这一主体进行的，具体包括：1、起草铁路监督管理的法律法规、规章草案，参与研究铁路发展规划、政策和体制改革工作，组织拟订铁路技术标准并监督实施；2、负责铁路安全生产监督管理，制定铁路运输安全、工程质量安全和设备质量安全监督管理办法并组织实施；3、监督铁路运输服务质量和铁路企业承担国家规定的公益性运输任务情况；4、负责组织监测分析铁路运行情况，开展铁路行业统计工作。为此，国家铁路局还专门组建了8个地区性的铁路监督管理局和铁路督察室，分驻沈阳、上海、广州、成都、武汉、西安、兰州和北京，实行垂直管理。
通过上述介绍可以发现，国家铁路局的工作职责是起草关乎铁路行业的法律法规、发展规划、铁路技术标准，以及对铁路安全生产、运输秩序和铁路运营主体的日常工作服务进行监管，并不涵盖铁路公安这块工作的职责。其监管对象也只是各个铁路经营部门和市场从业者，并不包括铁路公安这个单位。
而铁路公安局（全称是“公安部铁路公安局”）是公安部明确公示的内设职能局之一，规格级别为正局级，负责领导全国铁路系统范围内的公安业务工作。其前身是原铁道部公安局，2013年3月伴随着铁道部的撤销，铁道部公安局也随之更名为铁路公安局。目前，铁路公安局直接由公安部领导管理，公安部铁路公安局在全国范围内设立了18个副厅级的铁路公安局以及72个铁路公安处（规格均为正处级）还有大量的铁路派出所，实行垂直管理，共同维护铁路出行公共区域的安全稳定和秩序畅通。
综上所述，国家铁路局和铁路公安局彼此不是上下级，也没有任何隶属关系，二者的工作职责范围也没有交集！
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