在大运动时期，作为总政部主任的萧华，无可避免受到冲击，尤其在1967年多次被批斗。上级也几次保他，最终还是没有保住，消失7年时间。
自1965年以后，罗瑞卿离开总参，不再主持军委日常给工作。叶帅、杨成武、萧华组成三人领导小组主持军队工作。尤其在文革初期，地位非但没有下降，而且仍然得到重用。
在此后成立的全军文革领导小组，徐向前担任组长，萧华、杨成武、王新亭、徐立清等人为副组长，他的排名在杨成武之上，很多时候全军文革工作由萧华代理。
这一阶段他处于风口浪尖，表面上是看不出任何危险的。
1967年2月19日，军委、中央文革、全军文革在京西宾馆召开一个小型会议，重点是批评总政部主任萧华对军队“文革”运动领导不力。
作为中央文革小组组长陈伯达首先发言，给萧华扣上“资产阶级政客”的帽子，把军队文革搞的冷冷清清，一路过三座门就有气，那里官僚严重，是个阎王殿。
当萧华想要申辩几句，被顶回去：我们不愿意听你的讲话！此时的萧华，只能缄口不言，因为根本就插不上话，有多人都是“有备而来”。这是萧华没有想到的，也是其他军队将领没有想到的。
作为军队的一份子，哪里能容忍别人这样诋毁军队，横加指责军队将领。
此时参加会议的叶帅、徐帅坐不住了，叶帅拍案而起怒斥陈伯达：你凭什么对萧华横加指责？你这是对解放军的污蔑。你们已经把地方搞乱了，现在又想把军队也搞乱。你们这样搞究竟对谁有利？你们究竟想干什么?
这样一番讲话，会上的气氛就很紧张了。
叶帅与陈伯达是杠上了，陈伯达也没有太多造次。为了缓和会场的气氛，徐帅就不得不出来批评了萧华几句，因为他担任全军文革小组组长，要顾及中央文革，也要顾及军队情况说道：你萧华是有错误的，你把军队的政治工作搞成了这个样子，影响了我们全军。
当萧华被批评的消息传出来后，北京军区文工团和一些军事学院的造反派就要抄家，还要揪斗他，多亏反应及时，跑到叶帅家躲起来。
事情发生后，叶帅向林彪汇报情况，列举军队院校造反派的学员要揪斗萧华。萧华是林彪的老部下，得知后就把江青叫去大发脾气。江青没办法就来到萧华家里，对那些造反派说：是谁让你们揪斗萧华的，赶紧撤出去，随后把抢夺的文件、档案给归还。
这样，对萧华的问题才算告一段落。
几个月后，发生五一三事件再次被推到风口浪尖。事件比较简单，就是军内两大派在《在延安文艺座谈会上的讲话》献礼演出中发生矛盾，进而演化成武斗的一起事件，最后萧华被揪斗。随后总政部被军管，萧华被秘密看押，神秘“失踪”7年，直到1974年才得以解放。
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