1356年至1359年间，汉民族起义军首领朱元璋不断扩充自己势力，至此已统一江南半壁江山。
1367年朱元璋开始北伐，在大将徐达、常遇春等部将协助之下，于1368年八月间攻陷元大都，元惠宗(顺帝孛儿只斤妥欢铁木儿)见大军将至，于深夜之间开建德门北奔，逃往上都。
元上都位于今中国内蒙古自治区锡林郭勒盟正蓝旗境内。元世祖忽必烈即位之前，命刘秉忠建王府于此。1279年灭宋后，改为陪都，作避暑行宫，每逢夏季之时在此处理政务。
此后，在漠北的蒙元君臣依旧沿用大元国号，史称“北元”。北元政权持续了二百六七十年，差不多与明朝相始终，虽然没有被明王朝消灭，但最终皆被清王朝所灭。
大明兴，元朝灭，但身居北元的蒙古贵族不甘心失败，仍然企图重新入主中原，于是不断组织力量反攻。明朝初建之时，根基还不稳定，为了巩固自己的统治，只能对蒙古采取征讨和招抚并用的策略。其结果，双方都没有能够如愿以偿，形成了南北对峙的局面。
北元初期，蒙古贵族依靠的力量主要有三支：
(1)、元河南王扩廓帖木儿(又名王保保)率领十余万军队，占据山西、甘肃方面。(2)、北元丞相纳哈出拥二十余万众据守辽东。(3)、元梁王管辖之下的云南还有十余万军队，策应北元皇帝的军事行动。
此外，北元与东面的高丽、西面的畏冗儿地区仍旧保持着密切的政治、军事、经济等方面的联系。
1368年冬，惠宗命扩廓帖木儿从山西出兵夺回大都。军行途中，明朝将领徐达乘虚袭击他的后方太原。扩廓帖木儿回师救援，正中计谋，被明军袭破大营。折兵四万，仅率十八骑逃入甘肃，山西地区自此被明王朝占据。
1369年春夏，北元远相也速几次进攻通州(今北京通县)，但都被明军击退。明军乘势北进。惠宗从上都退往应昌(今内蒙古克什克腾旗达里诺尔西岸)，宗王庆生、平章鼎住被明军追及擒杀，一万将士被俘。上都陷落。
1370年四月，驻守在沈儿峪口(今甘肃定西县北)的扩廓帖木儿与徐达率领的明军激战。扩廓帖木儿大败，仅与妻子和少数随从北渡黄河，跑到漠北和林，八万六千多官兵全部被俘。自此，陕西、甘肃等地区也被明朝占据。
1370年五月元惠宗因痢疾刚刚去世，明朝大军随之而来，展开应昌围城战。一日而下，惠宗之孙买的里八刺及后妃、诸王、官吏等多人被俘，而后被押解京师。惠宗之子爱酞识理达腊(北元昭宗)率数十骑逃往和林，与扩廓帖木儿会合。
这一年，爱酞识理达腊即皇帝位，称必力克图汗，年号宣光，为北元昭宗。
北元节节败退，明朝打算乘胜彻底打垮它的势力，以绝后患。1372年，明军十五万分东西中三路进攻北元。
但这一次明朝对北元的战争，却以失利告终。明朝在短时期内再没有能力深入北方草原作战，北元则争取到了喘息时间，双方在边境地区不断发生拉锯式的冲突，双方各有输赢。
1375年，扩廓帖木儿死于漠北，使北元军队失去了一位能征惯战的骁将。这一年纳哈出进攻明朝辽东州城，屡被击败。
北元昭宗於1378年逝世，他死后由弟脱古思帖木儿(北元平宗)继位。
l380年．北元国公脱火赤等经常进扰明边，在亦集乃遭征讨被俘。次年，北元平章乃儿不花在边境地区被徐达击败。
1381年，据守云南的元军遭明朝大军的征讨。白石江(今云南曲靖县东北)一战，十余万北元大军溃败，被俘者二万有余。梁王匝剌瓦尔密见大势已去，带着妻、子一同投滇池自杀。与漠北蒙古贵族逐相呼应的这支力量被消灭了。
1388年，明朝大将蓝玉率师掩袭北元平宗脱克思帖木儿于捕鱼儿海，蒙古军仓猝拒战，大败。太尉蛮子被杀﹐诸王﹑平章以下官员三千多人﹑军士男女七万多人被俘。
1402年(明建文四年)，东坤帖木儿自立为汗，去元国号﹐改称鞑靼。至此，北元实际上灭亡。
从此之后，蒙古内部纷纷自立为汗，相互厮杀，有些部族选择与明朝合作，有些则选择继续抗明，这种情况一直延续到1636年，鞑靼十六部降清，鞑靼亡。8年之后，清兵过山海关，明朝亡。
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