1966年8月1日，中共中央召开了八届十一中全会，此次全会改选了中央领导机构，虽然陈云仍然当选为中央政治局常委，但他的排名被排在11位常委里的最后一位，他的中央副主席的职务也不再被提及了。
八届十一中全会结束后的第二天，中央接着召开了工作会议，在此次会议上，康生跳出来攻击陈云说：“陈云同志的思想也是长期与主席对立的。他以经济专家自居，自以为他的经济学在主席之上。看看他1962年的报告，就懂得他的经济学是什么货色。他只讲经济，不讲政治，他讲的经济政策，据我看，只是资本主义的商人经济而已。”
面对康生的攻击，陈云表现得很冷静，他没有反驳，也没有讲其他的话。
尽管陈云当时的处境很不好，但毛泽东对他的基本态度还是争取和保护的。1967年5月1日，按照中央的统一安排，陈云参加了在中山公园举行的首都群众庆祝五一国际劳动节的游园活动，当晚，他又出席了在天安门举行的联欢晚会。这无疑是一种标志，标志着陈云没有被“打倒”，还是党和国家的领导人。
1969年4月，党的“九大”在北京举行。陈云虽然出席了“九大”，但康生、江青等人还是揪住他不放，并竭力阻挠他继续当选中央委员。最后在毛泽东的力保下，陈云虽然当选为中央委员，但没有进入中央政治局，中央也没有再分配给他什么工作，只是让他和一些老同志去工矿企业“蹲点”调查。
1969年10月17日，周恩来突然召集陈云、朱德、董必武等老同志说：“主席根据当前形势，决定一些同志在20日之前或稍后从北京疏散到外地，并指定了每个人的去处。各地安置工作由我打电话安排，中央办公厅负责准备专机或专列。”
陈云被安排到江西化工石油机械厂“蹲点”调查，周恩来专门给江西省革命委员会打了招呼，让他们对陈云的生活进行了妥善的安排。当地的干部和工人也都把陈云当作老革命来尊重，尽可能为他的调查研究和学习提供好的条件，在“蹲点”的那段日子里，陈云的心情是比较舒畅的。
陈云在江西的那段日子里，仍然对林彪、江青等人的行为十分反感。1970年4月24日，我国第一颗人造地球卫星成功发射，有的工人问陈云对此有什么感想，他说：“实际上，我国的卫星早该上天了！”陈云的意思很明显，此时的他依然不拥护“运动”。
“九一三”事件以后，毛泽东对自己的错误有所改正，1972年4月，中央批准陈云返回北京，并安排他参加国务院业务组的工作，协助周恩来开拓外贸工作。
60年代末至70年代初，世界格局发生了很大变化，原有的社会主义和资本主义两大阵营的壁垒开始松解，发达国家和发展中国家之间的经济贸易往来日益增多。陈云敏锐地注意到了这一变化，他大胆地提出了“研究当代资本主义”、利用外资的新课题。
1973年6月7日，陈云在家里约见了中国人民银行负责人陈希愈，他在谈话时说：“和资本主义打交道是大势已定。过去我们的对外贸易是75%面向苏联和东欧国家，25%面向资本主义国家。现在改变为75%对资本主义国家，25%对苏联、东欧。因此，我们对资本主义要很好地研究。不研究资本主义，我们就要吃亏，不研究资本主义，就不要想在世界市场中占有我们应占的地位。”
陈云的这个判断，可以视为新中国向西方国家开放的认识转折点，在当时动辄批判“对外投降卖国主义”的政治形势下，如石破天惊，振聋发聩！
1973年8月，在党的“十大”上，陈云继续当选为中央委员，但他仍然被排除在中央政治局之外，中央也没有分配他任何具体领导工作。直到1978年12月，在党的十一届三中全会上，陈云当选为中央政治局常委、中央委员会副主席、中共中央纪律检查委员会第一书记，他终于可以重新出来工作了！
陈云复出以后，认为对“运动”中犯有罪行的人，要区别对待处理，他曾说：“像黄、吴、李、邱他们，包括林彪，过去这些人都打过许多仗，也立过各种战功。他们现在犯了罪，应该处理，但与‘四人帮’应该有所区别。”
1980年，中央政治局开会讨论对江青量刑，许多同志主张判处江青死刑。陈云却说：“党内斗争不能开杀戒，否则后代不好办。”
但仍然有人说：“党内斗争也可以杀。”
陈云听后十分激动地说：“如果你们坚决要杀，请在会议记录里写上‘陈云同志不同意’。”
事实证明，陈云的意见是对的，最后江青被判处死刑缓期二年执行，这一判决在国内外都收到了较好的效果。
总的来说，在10年的“运动”中，陈云在复杂形势下善于冷静思考，关键时刻敢于挺身而出，正像他所说的“我是一方面小心谨慎，一方面又很硬”，为党和国家渡过急流险滩，走向胜利的彼岸，作出了重要的引导和支持。
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